byarielm.fyi / scImmuCC
Hierarchical annotation of immune cells in scRNA-Seq data based on ssGSEA algorithm. Fork for large datasets with QOL improvements.
fork atom

Update seurat_maps.R

authored by Yingjiang17 and committed by GitHub d17e9204 3a4ce496

options
unified split
Changed files
+1 -1
R
seurat_maps.R
+1 -1
R/seurat_maps.R
··· 46 46 47 47 seurat.data <- RunUMAP(seurat.data, dims = 1:10) 48 48 n <- length(count[2,]) 49 - seurat.data <- seurat.data[!duplicated(rownames(seurat.data)), ] 49 + seurat.data <- seurat.data[!duplicated(colnames(seurat.data)), ] 50 50 seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10) 51 51 #if(n>91){ 52 52 # seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10)