byarielm.fyi
+4
-3
R/seurat_maps.R
+4
-3
R/seurat_maps.R
···
14
14
15
15
seurat_Heatmap <- function(count,genematrix,ssGSEA_result,filename){
16
16
17
+
count <- count[, !duplicated(colnames(count))]
17
18
seurat.data <- CreateSeuratObject(counts = count, project = filename)#, min.cells = 3, min.features = 200)
18
19
seurat.data
19
20
seurat.data[["percent.mt"]] <- PercentageFeatureSet(seurat.data, pattern = "^MT-")
···
46
47
47
48
seurat.data <- RunUMAP(seurat.data, dims = 1:10)
48
49
n <- length(count[2,])
49
-
seurat.data <- seurat.data[ ,!duplicated(colnames(seurat.data))]
50
-
seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10)
50
+
#seurat.data <- seurat.data[ ,!duplicated(colnames(seurat.data))]
51
+
51
52
#if(n>91){
52
53
# seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10)
53
54
#}
54
55
#else{
55
56
# seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10, perplexity = 1)
56
57
#}
57
-
58
+
seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10)
58
59
head(seurat.data@reductions$tsne@cell.embeddings)
59
60
60
61
#Add annotation information to Seurat object