byarielm.fyi
+8
-7
R/seurat_maps.R
+8
-7
R/seurat_maps.R
···
53
n <- length(count[2,])
54
#seurat.data <- seurat.data[ ,!duplicated(colnames(seurat.data))]
55
56
-
#if(n>91){
57
-
# seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10)
58
-
#}
59
-
#else{
60
-
# seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10, perplexity = 1)
61
-
#}
62
-
seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10)
63
head(seurat.data@reductions$tsne@cell.embeddings)
64
65
#Add annotation information to Seurat object
···
53
n <- length(count[2,])
54
#seurat.data <- seurat.data[ ,!duplicated(colnames(seurat.data))]
55
56
+
min_cell_count <- 100
57
+
if(ncol(seurat.data) >= min_cell_count){
58
+
seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10)
59
+
}
60
+
else{
61
+
seurat.data <- RunTSNE(seurat.data, dims = 1:10, perplexity = 5)
62
+
}
63
+
64
head(seurat.data@reductions$tsne@cell.embeddings)
65
66
#Add annotation information to Seurat object