byarielm.fyi
+4
-2
R/seurat_maps.R
+4
-2
R/seurat_maps.R
···
47
47
head(seurat.data@reductions$pca@cell.embeddings)
48
48
head(seurat.data@reductions$pca@feature.loadings)
49
49
seurat.data <- ProjectDim(object = seurat.data)
50
-
seurat.data <- JackStraw(seurat.data, num.replicate = 100)
51
-
seurat.data <- ScoreJackStraw(seurat.data, dims = 1:20)
50
+
#seurat.data <- JackStraw(seurat.data, num.replicate = 100)
51
+
#seurat.data <- ScoreJackStraw(seurat.data, dims = 1:20)
52
+
seurat.data <- JackStraw(seurat.data, dims = 50)
53
+
seurat.data <- ScoreJackStraw(seurat.data, dims = 1:50)
52
54
53
55
seurat.data <- RunUMAP(seurat.data, dims = 1:10)
54
56
n <- length(count[2,])