byarielm.fyi
+9
-7
R/seurat_maps.R
+9
-7
R/seurat_maps.R
···
31
31
32
32
#Perform linear dimensional reductionPerform linear dimensional reduction
33
33
counts <- seurat.data[["RNA"]]@counts
34
-
cells <- length(counts[2,])
35
-
if(cells>50){
36
-
seurat.data <- RunPCA(seurat.data, features = VariableFeatures(object = seurat.data))
37
-
}else{
38
-
seurat.data <- RunPCA(seurat.data,npcs = (cells-1), features = VariableFeatures(object = seurat.data))
39
-
}
40
-
34
+
#cells <- length(counts[2,])
35
+
#if(cells>50){
36
+
# seurat.data <- RunPCA(seurat.data, features = VariableFeatures(object = seurat.data))
37
+
#}else{
38
+
# seurat.data <- RunPCA(seurat.data,npcs = (cells-1), features = VariableFeatures(object = seurat.data))
39
+
#}
40
+
seurat.data <- seurat.data[!duplicated(rownames(seurat.data)), ]
41
+
seurat.data <- RunPCA(seurat.data,npcs = (cells-1), features = VariableFeatures(object = seurat.data))
42
+
41
43
head(seurat.data@reductions$pca@cell.embeddings)
42
44
head(seurat.data@reductions$pca@feature.loadings)
43
45
seurat.data <- ProjectDim(object = seurat.data)